Биоинформатический анализ
с математической точностью
с математической точностью
Разработка ПО и ИИ-решений для анализа данных NGS секвенирования и протеомного анализа
Проведение масштабных вычислений по запросу заказчика, на серверах Центра ИИ СПбГУ
Использование методов Машинного обучения и Искусственного интеллекта для анализа омиксных данных
Реализация современных высокопроизводительных алгоритмов в виде ПО профессионального
качества для повышения точности и скорости анализа данных NGS
качества для повышения точности и скорости анализа данных NGS
Разработка пайплайнов и ПО «под ключ» с учетом специальных задач заказчиков
Мы занимаемся разработкой биоинформатических инструментов и анализом омиксных данных
Как мы работаем
1
2
3
Анализ данных секвенирования
нового поколения NGS
нового поколения NGS
Интерпретация результатов
Отчетность
Предобработка данных:
- Оценка качества данных;
- Фильтрация;
- Удаление артефактов.
Выравнивание прочтений на референсный геном.
Генотипирование и анализ вариаций - выявление однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), инделов и структурных вариаций.
Аннотация выявленных вариантов:
с использованием баз данных.
Сборка геномов de novo.
Анализ данных RNA-seq (дифференциальная экспрессия, альтернативный сплайсинг).
Поиск ассоциаций с помощью GWAS.
Общие и специализированные решения для анализа опухолевых геномов:
- Выявление драйверных мутаций;
- Анализ мутационных подписей и клональной изменчивости опухолей;
- Построение прогностических моделей развития опухолей и ответа на лечение.
- Оценка качества данных;
- Фильтрация;
- Удаление артефактов.
Выравнивание прочтений на референсный геном.
Генотипирование и анализ вариаций - выявление однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), инделов и структурных вариаций.
Аннотация выявленных вариантов:
с использованием баз данных.
Сборка геномов de novo.
Анализ данных RNA-seq (дифференциальная экспрессия, альтернативный сплайсинг).
Поиск ассоциаций с помощью GWAS.
Общие и специализированные решения для анализа опухолевых геномов:
- Выявление драйверных мутаций;
- Анализ мутационных подписей и клональной изменчивости опухолей;
- Построение прогностических моделей развития опухолей и ответа на лечение.
Статистический анализ и визуализация данных.
Использование био- информатических подходов для выявления паттернов и биологи- ческих значений.
Использование методов ML и искусственного интеллекта для анализа данных.
Использование био- информатических подходов для выявления паттернов и биологи- ческих значений.
Использование методов ML и искусственного интеллекта для анализа данных.
Подготовка отчетов с результатами анализа, включая графики и таблицы для представления данных.
Выполняем стандартный биоинформатический анализ
с использованием классических
инструментов и стандартизированных пайплайнов.
с использованием классических
инструментов и стандартизированных пайплайнов.
Осуществляем консультирование
по всем направлениям анализа омиксных данных.
по всем направлениям анализа омиксных данных.
Занимаемся планированием экспериментов и обработку результатов по запросам заказчика.
Чем ещё мы можем помочь?
Основное направление деятельности — геномная нестабильность опухолей, динамические мутации в геноме.
Генеральный директор МИП «Центр искусственного интеллекта СПбГУ»
Имеет более чем 20-летний опыт в организации и коммерциализации омиксных технологий и биохимических производств.
Основное направление деятельности — геномика, включая анализ опухолевых геномов
Опыт коммерческой разработки ПО более 20 лет, включая работу как в стартапах, так и в крупных международных компаниях.
Мы – команда, состоящая из профессиональных генетиков, молекулярных биологов, биоинформатиков, математиков
и программистов.
и программистов.
Анна
Аксенова
Аксенова
Михаил
Ланговой
Ланговой
Виталий
Бурылев
Бурылев
Анна
Жук
Жук
Владимир
Широков
Широков
Кандидат биологических наук, генетик, молекулярный биолог.
Dr. rer. nat., специалист по искусственному интеллекту.
Кандидат биологических наук, специалист по коммерциализации биотехнологий.
Кандидат биологических наук, биоинформатик, генетик.
CTO, главный программист.
Тут написать что-то про большую команду
198504, Санкт-Петербург, Петергоф, Ульяновская ул., 1
НИИ Физики
НИИ Физики
Связаться с нами!
198504, Санкт-Петербург, Петергоф, Ульяновская ул., 1
НИИ Физики
НИИ Физики
Связаться с нами!